Souvenons-nous qu'en 1833, la loi Guizot imposa aux communes de plus de 500 habitants de financer une école de garçons puis cette disposition fut étendue aux filles en 1867.

Jusqu’en 1869, l'école était réservée aux garçons, elle se trouvait dans une pièce attenante à la mairie, au bas de la Grand Rue, au-dessus du passage qui conduit à la place de l'église.

L'enseignement des filles fit assuré à partir de 1869 par des religieuses. Cette année-là, grâce à des dons de particuliers, un couvent fut ouvert à Saint-Loubouer par des religieuses, appelées Filles de la Croix Saint-André. Dès 1854 le curé de Saint-Loubouer mandaté par l'évêque acheta une maison de triste apparence, cette maison se trouvait sur la place de l'église.

En 1869, trois religieuses venues de la Maison provinciale d'Ygon (Basses-Pyrénées) arrivèrent à Saint-Loubouer le 9 Septembre 1869. Elles furent accueillies avec enthousiasme par la population, venue en grand nombre. Vouées à l'enseignement et à l'éducation des enfants, les religieuses se mirent à l'œuvre avec intelligence et dévouement. Les résultats ne se firent pas attendre. On remarqua vite que les jeunes filles élevées à l'école des bonnes sœurs avaient acquis une urbanité, une politesse exquise et simple, un maintien réservé et des habitudes de travail. Deux sœurs faisaient gratuitement de l'enseignement et la troisième s'occupait des tâches domestiques. En dehors des classes, elles allaient souvent visiter les malades de la paroisse. Elles étaient très appréciées dans la commune.

En 1882 après demande de l'administration de l'instruction publique, les religieuses finirent par accepter de devenir institutrices communales.

De son côté, l'école des garçons, est devenue insalubre. En 1874, le conseil municipal envisage d'entreprendre des travaux mais devant l'ampleur des dépenses prévisibles, il se demande s'il ne faudrait pas plutôt construire une école neuve. Commence alors une saga qui ne se terminera qu'en 1884.

En 1903, la Préfecture commença à harceler la commune pour laïciser l'enseignement des filles, ce qui voulait dire construire une école de filles indépendantes du couvent. C'est alors que la commune décida de construire un groupe scolaire servent à la fois pour les filles et pour les garçons.

Après maintes et maintes discussions avec la Préfecture sur l'emplacement et l'organisation du groupe scolaire. Finalement, un terrain est acheté et l'école achevée en 1913. Ce fut une école à six classes, du cours élémentaire au certificat d'études, avec un bâtiment et un instituteur pour les filles et un autre pour les garçons. Chacun des deux instituteurs avait donc six classes.

En 1928, un des instituteurs persuada la commune d'en venir à la coéducation, c'est-à-dire mélanger les filles et les garçons. Ainsi chaque instituteur n'aurait plus que trois classes. Une des cours de récréations serait pour les petits et l'autre pour les grands.

En 1930 fut instituée une caisse des écoles afin d'acheter des prix pour récompenser les meilleurs élèves et venir en aide aux familles pauvres.

En 1968, les poêles à bois furent remplacés par des poêles à mazout. Jusqu’en 1972, une soupe chaude était servie aux enfants à midi.

En 1972, ce système fut remplacé par une véritable cantine scolaire. En 1953, fut instaurée pendant quelques années une distribution de lait et de sucre subventionné par l'Etat.

En 1977, un regroupement scolaire avec Vielle Tursan fut décidé par les deux communes avec l'accord de l'inspection d'académie.

Au mois d'Avril 1998, l'inspection académique informait de sa décision de ne plus accorder de dérogation pour les moyennes sections ce qui allait inévitablement diminuer les effectifs des écoles primaires. Après discussions entre le conseil municipal de Saint-Loubouer et les parents d'élèves, il a était décidé de faire des démarches pour rejoindre le regroupement envisagé Aubagnan-Bats-Vielle, mais Aubagnan n'a pas accepté d'accueillir Saint-Loubouer.                                                                       

En désespoir de cause la municipalité a demandé l'hospitalité au regroupement de Bahus, Buanes, Classun, Eugénie, communes avec lesquelles Saint-Loubouer avaient de nombreux liens. Leur réaction a été favorable, l'inspection académique également consultée s'est montrée elle-même très favorable.

Pour l'année scolaire 1999-2000 Saint-Loubouer accueillaient les CM2 de tout le regroupement et les CM1 pour les enfants de Saint-Loubouer.

La même année les maires et les conseillers municipaux se sont demandés s'il ne convenait pas de repenser entièrement la question scolaire et d'envisager la construction d'une école unique appartenant aux cinq communes. Le moment leur paraissait opportun dans la mesure où Eugénie-les-Bains s'apprêtait précisément à construire une école neuve pour la rentrée de l'an 2000. Mais ce RPI devenait fragile et dans ces conditions, il parut raisonnable au conseil municipal de se prononcer en faveur de l'école communautaire, après avoir consulté la population, malheureuse de perdre l'école, mais sensible elle aussi, à la raison.

Aujourd'hui tout le monde semble satisfait de cet arrangement, l'école communautaire à Eugénie-les-Bains, avec un transport scolaire qui dessert toutes les communes adhérentes à la communauté de communes d'Aire sur l'Adour.

Des travaux furent réalisés afin que l'ancienne école soit transformée en trois appartements communaux.